Ja kiedyś a ostatnio znajomy natknęliśmy się na następujący problem:

Przyczyna jest banalna - Ubuntu standardowo konfiguruje PHP do pracy z serwerem Apache. PHP jako moduł Apache'a czyta konfigrację z poziomu początkowego użytkownika - roota - w związku z czym plik /etc/php5/cgi/php.ini może mieć prawa rw------- a mimo tego być czytelny dla PHP. Problem z FastCGI jest taki, że uruchamia PHP z niższymi uprawnieniami i nie moze się dostać do konfiguracji.

Rozwiązanie jest proste - dodać prawo 'r' dla grupy i pozostałych

Po resecie lighttpd wszystko powinno wrócić do normy